Ученик старшей школы, Эмия Сиро, становится невольным участником так называемой «Войны Святого Грааля», многие века проходящей в японском городе Фуюки. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом — Граалем, который исполнит любое желание победителя. Каждый маг, с момента своего начала участия в Войне, призывает Слугу — одну из великих Героических Душ прошлого - сражающегося на стороне своего Мастера. Призвано может быть лишь семеро Слуг, все они принадлежат к разным боевым классам: мечник (Сэйбер), стрелок (Арчер), копейщик (Лансер), всадник (Райдер), берсеркер, убийца (Ассасин) и маг (Кастер). Битва ведется до тех пор, пока не останется одна пара Мастера и Слуги. Волей судьбы Эмия Сиро призывает мечницу — Слугу, поставившую себе цель добраться до Грааля. Однако, он не желает участвовать в битве, так как прошлая Война отняла у него всех родных. Эмии начинает помогать Тосака Рин — наследница древнего рода магов, которая учится в той же школе, что и Широ. Но правила Войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой, а наиболее возможный исход для проигравшего — смерть.