Базетт Фрага МакРемитц, член Ассоциации магов и Мастер 5-й Войны Святого Грааля, просыпается на четвертый день 5-й Войны Святого Грааля со своим новым Слугой, Эвенджером. Она не помнит ничего из того, что произошло с ней ранее, однако она все равно решает вступить в Войну вместе с Эвенджером, чтобы заполучить Грааль.

Тем временем Эмия Сиро живет мирной жизнью со всеми своими друзьями (и не очень) 5-й Войны Святого Грааля. Подобный эксцесс имеет место быть из-за эксперимента Тосаки Рин, которая умудряется исказить горизонт событий времени и пространства, что приводит к возвращению к жизни всех убитых на прошедшей Войне Мастеров и их Слуг. Грааль, уничтоженный Сэйбер в одном из сценариев Stay Night, также оказывается восстановлен. Исключением является лишь Котоминэ Кирэй, который по какой-то причине не был воскрешен. Рин покидает Фуюки и отправляется в Ассоциацию магов в Англии, чтобы исправить положение.